蔡元培故居位于绍兴市区萧山街笔飞弄13号，是一个颇具绍兴特色的明清台门建筑；也是我国目前唯一专门介绍蔡元培一生事迹的名人纪念馆。上海蔡元培故居是一幢三层英式花园洋房，1937年蔡元培先生入住，是他在上海的最后一处住所，亦是国内保存最完好的一处蔡元培故居。2000年，上海静安区人民政府在故居底楼开设了上海蔡元培故居史料陈列馆，二楼、三楼仍由蔡元培子女居住。

故居主要建筑有门厅、大厅、座楼，共三进，占地1856平方米，建筑面积1004平方米，砖木结构，花格门窗，乌瓦粉墙，青石板地。门厅三间，坐西朝东，门楣匾额“蔡元培故居”系艺术大师刘海粟所书。厅内安放着蔡元培半身塑像，目光和蔼睿智，一派长者风范。大厅上方悬挂毛泽东褒誉先生“学界泰斗”匾额和周恩来撰、沈定庵书挽联：“从排满到抗日战争，先生之志在民族革命；从五四到人权同盟，先生之行在民主自由。”对联高度概括了蔡元培一生的光辉历程。2006年年底，有关方面通过房屋置换，解决了蔡元培家人的住房困难，也腾空了故居三楼，设立为“蔡元培实物馆”，展出120余件珍贵文物。故居的陈设基本保持蔡元培先生生前的原样。