深圳基督教堂位于深圳梅林社区东南区侧山丘南坡，东西高差约12米的地段上，为结合地形，建筑地形从西向东起坡，而建筑形体又由东向西凸起，因此增加了建筑的雄伟感和挺拔感。该教堂背靠青山，与自然交融，以此追求建筑如同土地中生长出来的有机效果。

深圳基督教堂不仅是一座功能性建筑，更是一种精神象征。该建筑以《圣经》“诺亚方舟”的典故作为构思之源：《圣经》“创世纪”中写到，上帝为惩罚人类的罪恶，需用洪水覆灭人类，但其中有个叫诺亚的人，由于他的诚实与善良感动了上帝，于是上帝给诺亚带上诸兽乘舟避难并重新繁衍下一代的机会。因此，“诺亚方舟”即成为“救世”之舟，并作为“诚善”和“博爱”的象征。为了表达这种精神力量，建筑以两片厚重的弧形墙由东向西逐渐升高，给人一种向上的力量感；弧墙支撑的透空复顶洒下均匀的光影，且天空中浮动的彩云给人与上帝更加接近之感。菱形钟塔更是这种力量的延续，达到一种“天地交融”的意境。

在平面布局上，主礼堂和附礼堂是重要的功能空间，设计上采取纵向叠加的方式，将主堂置于附堂之上，其他功能用房设于前后或周边。按照基督教的习惯，两礼拜堂均满足了通透、明亮、宽敞的设计要求。空间通透，更是生态性。